律师解答：
实际上班按旷工处理是不合法的，打卡是公司的管理制度，如果有其他处罚则属于企业内部问题，只要不违法就应当尊重，但是，上了班视为旷工的制度显然超出了企业自治的范围，所以不合法。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。